|
|
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| TranscriptId | 308746 |
| Track | FilteredModels2 |
| ProteinId | 308660 |
Alignments
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_42 | supercontig | scaffold_42:158361..160288 - |
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
Sequences
The following sequences are available for this feature:
mRNA sequence >mRNA_10048 ID=mRNA_10048|Name=jgi.p|Nanoce1779_2|308660|organism=Nannochloropsis oceanica|type=mRNA|length=1382bp
CCTCGTAAGCCGCCTCCCGCCCCACACTTGAATTATGGGCAGAATGTGGT
TATGAAGGTGCTGTCATGCACTTCTCCTCCCTCCTTGACGTAGAAGTTAA
CCCCAAAGCACACCATAGCGCTAGCCCCAGCCCTCTTGTATCCATTCCTG
GGCCATCTGGTCCTCTCAGAAGACAACAACTGGTTTGATTACTGGGTTTA
CTGCTAAGTCAGTCGCTGACAGAAGAAAGGATGCTCGCTCTTCTATCCCT
TTCCACAAGTGCAGGCAAGAACTCTCAACAGAATAGACTTCGACGGCACT
TCTTCTTTAAGAGTAGAAGGTGCTCCAGACCAAGATGTCTCCATCCCGTT
GCCACGCCTCGCTACTCTGATGCAGAGTGGGACAGGGGGTACTGTCCCGC
TTTCGAGGGCCTCTGCACAGCAATCATTCACCCTTTTACACGCACTCACG
CATACCACGTCAAGCACGCACACGGACGAACAGGAGCAAGCTGTTGCCGT
AGTAAGGGCCGCAGCGGCATGTGGCATGCTATCCACACCTGTGTCCTCAA
AAAGGACTTGCCGGCCCTTCGTTGGCTTCTTCATTGTGCCTCTACCTTCC
CTTCATCCTCCCCCGTCTACACCTACTTCTCTTCGTCCTCCAATCCCTCT
TTATCCCCCTCTTCTAGCATCCTCTCCTCCTCCTCCGCCGCCTTCGTCCC
ACCCCATCTTTCCTCCTGCCCCTCTTCTCCTCCCTCCATGACTTTTCGCC
CTTCTTCTCGCCCTCCTTCCTCCTTCATCGACAAAGGGAGTGCCTACAAC
TGCACAGCTCTAATGATCGCTGCCTCAGACGGGTTGGACGCAATTGTTGA
TGTCCTTGTCTCATACGGAGCCGATGTACACCTGAGAGACGACAACGGCC
TCAGCGCTCTCTACCTGGCTTGCATGGGTGGCCACGCCTCTATCGCCTCC
TTCCTCATCAGCCGGGGAGCCTCTCCTTTTGCCACTTGCCTTCGCGATGG
AACCACCCCTTTACACCGCGCTTCCCTCCACCGCCGCCCTGCCTGTGCCA
TTGCCCTCCTTCGCTCCCTTCCTCCCGCACTCCGCCTCGCCCTTGTCAAT
CAAAAGAATGATTGTGGAGAGACAGCCTTGAATTACGCAGTGGGTAAGGT
TCTTCCCCTTCCTCCCCCCCCCCTCCCTTCCTCCCTCCCTCATCATTCCC
AAAGAGTCCTTTCATCCCCCTAGCTCTTTTCGTCCCTCGCCTTCCTTCCA
TACTCCTTCCCACATTCCTTCCCTCCCTTCCCATCATGTTCGCCGAGTGT
GTCATATTGACTGACACCCGCATCTCCCATGTGCATCTCCCAAATTAATA
GTTCTTCGGGCTTCCGCCCCTCCCTCCCTCCC back to topprotein sequence of jgi.p|Nanoce1779_2|308660 >mRNA_10048-protein ID=mRNA_10048-protein|Name=jgi.p|Nanoce1779_2|308660|organism=Nannochloropsis oceanica|type=polypeptide|length=331bp
MLALLSLSTSAGKNSQQNRLRRHFFFKSRRCSRPRCLHPVATPRYSDAEW
DRGYCPAFEGLCTAIIHPFTRTHAYHVKHAHGRTGASCCRSKGRSGMWHA
IHTCVLKKDLPALRWLLHCASTFPSSSPVYTYFSSSSNPSLSPSSSILSS
SSAAFVPPHLSSCPSSPPSMTFRPSSRPPSSFIDKGSAYNCTALMIAASD
GLDAIVDVLVSYGADVHLRDDNGLSALYLACMGGHASIASFLISRGASPF
ATCLRDGTTPLHRASLHRRPACAIALLRSLPPALRLALVNQKNDCGETAL
NYAVGKVLPLPPPPLPSSLPHHSQRVLSSP* back to topmRNA from alignment at scaffold_42:158361..160288- Legend: polypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >mRNA_10048 ID=mRNA_10048|Name=jgi.p|Nanoce1779_2|308660|organism=Nannochloropsis oceanica|type=mRNA|length=1928bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_42:158361..160288- (Nannochloropsis oceanica)
CCTCGTAAGCCGCCTCCCGCCCCACACTTGAATTATGGGCAGAATGTGGT
TATGAAGGTGCTGTCATGCACTTCTCCTCCCTCCTTGACGTAGAAGTTAA
CCCCAAAGCACACCATAGCGCTAGCCCCAGCCCTCTTGTATCCATTCCTG
GGCCATCTGGTCCTCTCAGAAGACAACAACTGGTTTGATTACTGGGTTTA
CTGCTAAGTCAGTCGCTGACAGAAGAAAGGATGCTCGCTCTTCTATCCCT
TTCCACAAGTGCAGGCAAGAACTCTCAACAGAATAGACTTCGACGGCACT
TCTTCTTTAAGAGTAGAAGGTGCTCCAGACCAAGATGTCTCCATCCCGTT
GCCACGCCTCGCTACTCTGATGCAGAGTGGGACAGGGGGTACTGTCCCGC
TTTCGAGGGCCTCTGCACAGCAATCATTCACCCTTTTACACGCACTCACG
CATAGTAAGGCGACTTACACAATCTTTCACCCAAAAACAACGTCCGGGGC
TTCGTCCCTCCCTCTTATTGCCTCCCAGCAGTCGTCTGGGTATCCTCTGA
GGGGCTATGGCCACTTCCCTTGAAGTGTTTCTAAAGCCTCGTCCTTTTTT
CCTTCCATCCCTTTCTTCATGCACAGCCACGTCAAGCACGCACACGGACG
AACAGGAGCAAGCTGTTGCCGTAGTAAGGGCCGCAGCGGCATGTGGCATG
CTATCCACACCTGTGTCCTCAAAAAGGACTTGCCGGCCCTTCGTTGGCTT
CTTCATTGTGCCTCTACCTTCCCTTCATCCTCCCCCGTCTACACCTACTT
CTCTTCGTCCTCCAATCCCTCTTTATCCCCCTCTTCTAGCATCCTCTCCT
CCTCCTCCGCCGCCTTCGTCCCACCCCATCTTTCCTCCTGCCCCTCTTCT
CCTCCCTCCATGACTTTTCGCCCTTCTTCTCGCCCTCCTTCCTCCTTCAT
CGACAAAGGGAGTGCCTACAACTGCACAGGTAGGAAAATTATCCGCATTT
TTAAAGGGAGACAATCCGTACCTTCCCCTTCTCTTCCTCCTCCCTTCCCT
GCCTTCTTCCATCCCTCCCTCCTTGCATACCTGTTTAAACATGCTACTGT
CAGGGTGGTGCTAACATCCCTCTCTCGCCTCCCTCCCTTCGTACCCTACA
CACAGCTCTAATGATCGCTGCCTCAGACGGGTTGGACGCAATTGTTGATG
TCCTTGTCTCATACGGAGCCGATGTACACCTGAGAGACGACAACGGCCTC
AGCGCTCTCTACCTGGCTTGCATGGGTGGTAAGTCACCCGCCTTTCCACC
CTTCCTCCTCTCTTCTCTCCTTTCCTCTCTCCTTTCTTCCCTCTCTTGAC
ATACAACTGAGAGACGACCAGGGCCCTACTTCTCTTCTTCCCCCCTTCCC
TTGTTTGAGAGGAAAGCTCACACCCTTCCCTTCCTCCTTCCCTTCCTCCT
TCCCTCCCTTCCTCCCCTTCGTCCAGGCCACGCCTCTATCGCCTCCTTCC
TCATCAGCCGGGGAGCCTCTCCTTTTGCCACTTGCCTTCGCGATGGAACC
ACCCCTTTACACCGCGCTTCCCTCCACCGCCGCCCTGCCTGTGCCATTGC
CCTCCTTCGCTCCCTTCCTCCCGCACTCCGCCTCGCCCTTGTCAATCAAA
AGAATGATTGTGGAGAGACAGCCTTGAATTACGCAGTGGGTAAGGTTCTT
CCCCTTCCTCCCCCCCCCCTCCCTTCCTCCCTCCCTCATCATTCCCAAAG
AGTCCTTTCATCCCCCTAGCTCTTTTCGTCCCTCGCCTTCCTTCCATACT
CCTTCCCACATTCCTTCCCTCCCTTCCCATCATGTTCGCCGAGTGTGTCA
TATTGACTGACACCCGCATCTCCCATGTGCATCTCCCAAATTAATAGTTC
TTCGGGCTTCCGCCCCTCCCTCCCTCCC back to topCoding sequence (CDS) from alignment at scaffold_42:158361..160288- >mRNA_10048 ID=mRNA_10048|Name=jgi.p|Nanoce1779_2|308660|organism=Nannochloropsis oceanica|type=CDS|length=3972bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_42:158361..160288- (Nannochloropsis oceanica)
GCCACGCCTCTATCGCCTCCTTCCTCATCAGCCGGGGAGCCTCTCCTTTT
GCCACTTGCCTTCGCGATGGAACCACCCCTTTACACCGCGCTTCCCTCCA
CCGCCGCCCTGCCTGTGCCATTGCCCTCCTTCGCTCCCTTCCTCCCGCAC
TCCGCCTCGCCCTTGTCAATCAAAAGAATGATTGTGGAGAGACAGCCTTG
AATTACGCAGTGGGTAAGGTTCTTCCCCTTCCTCCCCCCCCCCTCCCTTC
CTCCCTCCCTCATCATTCCCAAAGAGTCCTTTCATCCCCCTAGCTCTAAT
GATCGCTGCCTCAGACGGGTTGGACGCAATTGTTGATGTCCTTGTCTCAT
ACGGAGCCGATGTACACCTGAGAGACGACAACGGCCTCAGCGCTCTCTAC
CTGGCTTGCATGGGTGCCACGTCAAGCACGCACACGGACGAACAGGAGCA
AGCTGTTGCCGTAGTAAGGGCCGCAGCGGCATGTGGCATGCTATCCACAC
CTGTGTCCTCAAAAAGGACTTGCCGGCCCTTCGTTGGCTTCTTCATTGTG
CCTCTACCTTCCCTTCATCCTCCCCCGTCTACACCTACTTCTCTTCGTCC
TCCAATCCCTCTTTATCCCCCTCTTCTAGCATCCTCTCCTCCTCCTCCGC
CGCCTTCGTCCCACCCCATCTTTCCTCCTGCCCCTCTTCTCCTCCCTCCA
TGACTTTTCGCCCTTCTTCTCGCCCTCCTTCCTCCTTCATCGACAAAGGG
AGTGCCTACAACTGCACAGATGCTCGCTCTTCTATCCCTTTCCACAAGTG
CAGGCAAGAACTCTCAACAGAATAGACTTCGACGGCACTTCTTCTTTAAG
AGTAGAAGGTGCTCCAGACCAAGATGTCTCCATCCCGTTGCCACGCCTCG
CTACTCTGATGCAGAGTGGGACAGGGGGTACTGTCCCGCTTTCGAGGGCC
TCTGCACAGCAATCATTCACCCTTTTACACGCACTCACGCATAGCCACGC
CTCTATCGCCTCCTTCCTCATCAGCCGGGGAGCCTCTCCTTTTGCCACTT
GCCTTCGCGATGGAACCACCCCTTTACACCGCGCTTCCCTCCACCGCCGC
CCTGCCTGTGCCATTGCCCTCCTTCGCTCCCTTCCTCCCGCACTCCGCCT
CGCCCTTGTCAATCAAAAGAATGATTGTGGAGAGACAGCCTTGAATTACG
CAGTGGGTAAGGTTCTTCCCCTTCCTCCCCCCCCCCTCCCTTCCTCCCTC
CCTCATCATTCCCAAAGAGTCCTTTCATCCCCCTAGCTCTAATGATCGCT
GCCTCAGACGGGTTGGACGCAATTGTTGATGTCCTTGTCTCATACGGAGC
CGATGTACACCTGAGAGACGACAACGGCCTCAGCGCTCTCTACCTGGCTT
GCATGGGTGCCACGTCAAGCACGCACACGGACGAACAGGAGCAAGCTGTT
GCCGTAGTAAGGGCCGCAGCGGCATGTGGCATGCTATCCACACCTGTGTC
CTCAAAAAGGACTTGCCGGCCCTTCGTTGGCTTCTTCATTGTGCCTCTAC
CTTCCCTTCATCCTCCCCCGTCTACACCTACTTCTCTTCGTCCTCCAATC
CCTCTTTATCCCCCTCTTCTAGCATCCTCTCCTCCTCCTCCGCCGCCTTC
GTCCCACCCCATCTTTCCTCCTGCCCCTCTTCTCCTCCCTCCATGACTTT
TCGCCCTTCTTCTCGCCCTCCTTCCTCCTTCATCGACAAAGGGAGTGCCT
ACAACTGCACAGATGCTCGCTCTTCTATCCCTTTCCACAAGTGCAGGCAA
GAACTCTCAACAGAATAGACTTCGACGGCACTTCTTCTTTAAGAGTAGAA
GGTGCTCCAGACCAAGATGTCTCCATCCCGTTGCCACGCCTCGCTACTCT
GATGCAGAGTGGGACAGGGGGTACTGTCCCGCTTTCGAGGGCCTCTGCAC
AGCAATCATTCACCCTTTTACACGCACTCACGCATAGCCACGCCTCTATC
GCCTCCTTCCTCATCAGCCGGGGAGCCTCTCCTTTTGCCACTTGCCTTCG
CGATGGAACCACCCCTTTACACCGCGCTTCCCTCCACCGCCGCCCTGCCT
GTGCCATTGCCCTCCTTCGCTCCCTTCCTCCCGCACTCCGCCTCGCCCTT
GTCAATCAAAAGAATGATTGTGGAGAGACAGCCTTGAATTACGCAGTGGG
TAAGGTTCTTCCCCTTCCTCCCCCCCCCCTCCCTTCCTCCCTCCCTCATC
ATTCCCAAAGAGTCCTTTCATCCCCCTAGCTCTAATGATCGCTGCCTCAG
ACGGGTTGGACGCAATTGTTGATGTCCTTGTCTCATACGGAGCCGATGTA
CACCTGAGAGACGACAACGGCCTCAGCGCTCTCTACCTGGCTTGCATGGG
TGCCACGTCAAGCACGCACACGGACGAACAGGAGCAAGCTGTTGCCGTAG
TAAGGGCCGCAGCGGCATGTGGCATGCTATCCACACCTGTGTCCTCAAAA
AGGACTTGCCGGCCCTTCGTTGGCTTCTTCATTGTGCCTCTACCTTCCCT
TCATCCTCCCCCGTCTACACCTACTTCTCTTCGTCCTCCAATCCCTCTTT
ATCCCCCTCTTCTAGCATCCTCTCCTCCTCCTCCGCCGCCTTCGTCCCAC
CCCATCTTTCCTCCTGCCCCTCTTCTCCTCCCTCCATGACTTTTCGCCCT
TCTTCTCGCCCTCCTTCCTCCTTCATCGACAAAGGGAGTGCCTACAACTG
CACAGATGCTCGCTCTTCTATCCCTTTCCACAAGTGCAGGCAAGAACTCT
CAACAGAATAGACTTCGACGGCACTTCTTCTTTAAGAGTAGAAGGTGCTC
CAGACCAAGATGTCTCCATCCCGTTGCCACGCCTCGCTACTCTGATGCAG
AGTGGGACAGGGGGTACTGTCCCGCTTTCGAGGGCCTCTGCACAGCAATC
ATTCACCCTTTTACACGCACTCACGCATAGCCACGCCTCTATCGCCTCCT
TCCTCATCAGCCGGGGAGCCTCTCCTTTTGCCACTTGCCTTCGCGATGGA
ACCACCCCTTTACACCGCGCTTCCCTCCACCGCCGCCCTGCCTGTGCCAT
TGCCCTCCTTCGCTCCCTTCCTCCCGCACTCCGCCTCGCCCTTGTCAATC
AAAAGAATGATTGTGGAGAGACAGCCTTGAATTACGCAGTGGGTAAGGTT
CTTCCCCTTCCTCCCCCCCCCCTCCCTTCCTCCCTCCCTCATCATTCCCA
AAGAGTCCTTTCATCCCCCTAGCTCTAATGATCGCTGCCTCAGACGGGTT
GGACGCAATTGTTGATGTCCTTGTCTCATACGGAGCCGATGTACACCTGA
GAGACGACAACGGCCTCAGCGCTCTCTACCTGGCTTGCATGGGTGCCACG
TCAAGCACGCACACGGACGAACAGGAGCAAGCTGTTGCCGTAGTAAGGGC
CGCAGCGGCATGTGGCATGCTATCCACACCTGTGTCCTCAAAAAGGACTT
GCCGGCCCTTCGTTGGCTTCTTCATTGTGCCTCTACCTTCCCTTCATCCT
CCCCCGTCTACACCTACTTCTCTTCGTCCTCCAATCCCTCTTTATCCCCC
TCTTCTAGCATCCTCTCCTCCTCCTCCGCCGCCTTCGTCCCACCCCATCT
TTCCTCCTGCCCCTCTTCTCCTCCCTCCATGACTTTTCGCCCTTCTTCTC
GCCCTCCTTCCTCCTTCATCGACAAAGGGAGTGCCTACAACTGCACAGAT
GCTCGCTCTTCTATCCCTTTCCACAAGTGCAGGCAAGAACTCTCAACAGA
ATAGACTTCGACGGCACTTCTTCTTTAAGAGTAGAAGGTGCTCCAGACCA
AGATGTCTCCATCCCGTTGCCACGCCTCGCTACTCTGATGCAGAGTGGGA
CAGGGGGTACTGTCCCGCTTTCGAGGGCCTCTGCACAGCAATCATTCACC
CTTTTACACGCACTCACGCATA back to top
|